Harry Mason, escritor de profesión, es un hombre apocado y parco en palabras que ha tenido que sobrellevar la muerte de su esposa y la crianza de su pequeña hija Cheryl, de siete años, a la que encuentra en el arcén de una autopista, ya que su mujer no podía tener hijos, de la mejor manera posible. La pequeña Cheryl, que desde que tenía uso de razón ya hablaba sobre un lugar llamado Silent Hill, un día insiste a su padre para que le lleve a esta ciudad, conocida por ser un lugar de ocio y turismo. Por su propia voluntad, Harry lleva en coche a su hija para complacerla.

Es de noche, y apenas hay visibilidad. Durante el viaje, Harry ve a lo lejos la figura de una chica que sale a la carretera e, intentando evitar atropellarla, gira bruscamente y sufre un accidente. Al despertar Cheryl ha desaparecido, y lo que es más extraño: a pesar de la temporada del año, la ciudad esta cubierta por una espesa niebla y nevada, lo que la hace convertir en una ciudad fantasma... Así es Silent Hill.

Harry seguirá la figura de su hija por todo el pueblo, intentando recuperarla, mas ésta se le escapa cada vez entre la niebla. Poco a poco, Harry irá descubriendo que Silent Hill no es un pueblo cualquiera, que esconde un gran secreto en el que él es una parte del rompecabezas en la trama y Cheryl tiene mucho que ver con el pasado del pueblo.


El argumento principal de Silent Hill se centra en la existencia de múltiples dimensiones dentro del pueblo. Estas dimensiones son creadas por una niña llamada Alessa Gillespie, la madre sagrada según El Culto, una poderosa secta muy arraigada a la historia de Silent Hill.

Dahlia Gillespie, cabecilla de El Culto cuando arranca la historia del juego, fue una mujer que intentó resucitar a un poderoso dios que la secta había adorado durante siglos. Este dios, cuyo verdadero nombre se perdió con la llegada de los colonos a América, fue bautizado por los cristianos como Samael (una teoría afirma que Silent Hill fue un lugar sagrado de los nativos). La masacre de los mismos, la creación de una prisión y una epidemia, comenzarían a corromper estos "poderes", bajo esta misma hipótesis presentada en el libro de las memorias perdidas, todo lo que se ve en Silent Hill, incluso Samael serían manifestaciones del subconsciente, eso explica que cambie de forma en distintas apariciones.

Además la mayoría de las criaturas en Silent Hill son recuerdos de Alessa (extraídas de sus miedos y de libros de su niñez), el dios del renacimiento.
Dahlia Gillespie, conocedora del poder de este dios ancestral, deseaba hacerlo renacer en Silent Hill. Para ello empleó su poder dentro de la secta (que movía mucho dinero en Silent Hill gracias a una droga llamada Claudia Blanca) para conseguir los favores de un joven doctor llamado Kauffman y de su equipo médico. Gracias a esto, Dahlia quedó encinta: en su vientre se gestaba la que llegaría a llamarse "la madre de Dios", una niña a la que Dahlia llamaría Alessa.

Desde pequeña, Alessa demostró ser especial, dado que tenía poderes. Los niños de su clase la increpaban, llamándola bruja. A pesar de desear hacer una vida normal, finalmente la pequeña Alessa fue alejada de la escuela y recluida en casa con su madre, donde sólo tenía contacto con ella y con otros adeptos al culto.

Allí pasó mucho tiempo sola, dibujando ese mundo al que ya no podía salir, y luchando contra un yo poderoso (legado del propio dios Samael) y un yo humano (su deseo de ser una niña normal). Como resultado de esta lucha interna, a la edad de catorce años, la madre de Alessa la encerró en casa y la quemó viva. Según el culto de Samael, era la manera de que el dios renaciera: mediante el fuego de la resurrección. Sin embargo, algo inesperado ocurrió...

Alessa sobrevivió gracias a su poder oscuro. Quemada viva, fue trasladada al hospital Alchemilla, donde el doctor Kauffman se encargó no sólo de ocultar el incidente, sino que procuró cuidados para la joven que seguía en coma: le asignó una enfermera llamada Lisa Garland para que cuidara de ella. Lisa, adicta a la droga Claudia Blanca, pronto se encariñó de Alessa, a pesar de que, en el fondo, la odiaba por ser un monstruo viviente, un ser que vivía a pesar de que debería haber muerto en un incendio de esa magnitud. Pero algo sucedió, al margen de la propia Alessa: desdobló su parte humana, haciendo que naciera de ella un bebé que contenía la mitad de su poder.
                                                                Lisa
Lisa Garland únicamente pudo llevarse en secreto al bebé y abandonarlo en la carretera, ya que su adicción a la droga Claudia Blanca la hizo volver a Silent Hill. Al poco tiempo, un joven matrimonio pasó por ahí. Harry Masón, el marido, se encariñó con la pequeña encontrada al borde de la cuneta de la carretera que llevaba a Silent Hill...

En los siete años siguientes, Alessa consiguió recuperarse de sus quemaduras. A pesar de eso, durante mucho tiempo tuvo que utilizar una silla de ruedas, recuerdo que quedaría para siempre grabado en su subconsciente. No sería hasta ese momento en que el poder de Samael residente en Alessa reclamaría su otra mitad (a la pequeña Cheryl), motivo por el cual la niña pediría a su padre para que le llevara a Silent Hill.

Alessa, que crearía una imagen de sí misma, provocaría un accidente a Harry para que Cheryl pudiera venir libremente hacia ella y, así, ser de nuevo una sola persona para poder escapar del sufrimiento en el que esta inmersa sin poder escapar,. En este momento, comienza el verdadero juego de Silent Hill. El juego también toma por eso la relación padre-hijo, la hija de Harry que es querida por su padre y Alessa que es utilizada por su madre para conseguir sus fines oscuros, en realidad Dahlia planea usar el poder del dios (lo que explica que este se manifieste en una forma demoníaca al reflejar su mente).
                                                              (Alessa)                                   
Durante el juego nos encontramos todo tipo de referencias simbólicas. La primera, y más destacada, es la existencia de múltiples dimensiones dentro del pueblo de Silent Hill, en concreto tres. Estas tres dimensiones las crea Alessa con su poder:

- Niebla: Es lo primero que vemos al comenzar el juego, el pueblo cubierto de una espesa niebla que apenas da margen para ver unos metros más allá. En este plano, Alessa no ha manifestado su poder del todo. Podemos ver criaturas de todo tipo que intentan atacar a Harry, desalentándolo, hiriéndole, haciéndole daño para que abandone el pueblo lo antes posible. Simbólicamente, la niebla expresa la extensión de la mente humana, la capacidad de focalizar y la incapacidad para ver más allá. Lo que parece ser nieve, es ceniza... clara representación del incendio. Así, la niebla es la parte más superficial de la mente de Alessa.

- Oscuridad: El enfado de Alessa ha comenzado a manifestarse. La ausencia de luz da la impresión de que, simbólicamente, estamos inmersos en un sueño. Durante el juego, Harry usa una linterna en esta situación. Es su ojo para explorar esta dimensión. El silencio es absoluto y la presencia de criaturas es mayor.

- Inframundo: Es la dimensión de Samael, la manifestación del inconsciente de Alessa, de su infierno particular. El suelo es una rejilla mugriente, así como las paredes y el techo. Hay representaciones de sillas de ruedas, de salas de hospital, de muñecos crucificados y quemados... Todo está abandonado y oxidado. La presencia de criaturas es tan elevada que aquí es donde nos aparecen los enemigos de final de fase. A esta dimensión pasaremos varias veces a lo largo del juego, luego (casi siempre después de derrotar a un líder) pasaremos otra vez a la dimensión de Niebla o de Oscuridad, las cuales son más tranquilas, sabremos que el protagonista va a pasar al mundo "Inframundo" por que siempre unos segundos antes sonaran unas sirenas parecidas a las alarmas de tornados o de bombas usadas antiguamente, pero con un tono mas macabro y un volumen que apenas podemos oírlas, lo que causa una sensación de miedo, las sirenas también tienen una simbología en la vida de Alessa explicado en Silent Hill: Origins, luego de que Alessa fuera rescatada del fuego ocasionado por su madre para matarla, ella y su salvador caen inconscientes en el jardín de la casa, lo último que escucha Alessa antes de ser encerrada en su subconciente y liberar a Samael (osea antes de caer desmayada) fueron las sirenas de las ambulancias y coches de policías.
Podemos entender estas dimensiones, y el juego de Silent Hill, mediante la teoría del subconsciente desarrollada por Sigmund Freud. Durante su vida, Alessa atrevesó por momentos muy difíciles, por dificultades que superaban a una niña de su edad. Una manera de sublimar su futuro papel de madre de Dios, y la presión que su madre ejercía en ella por esto, era dibujar monstruos tanto en hojas de papel como en el pupitre de su escuela (Midwitch School, una de las fases del juego). A pesar de todo, Dahlia la sacrificó, quemándola viva. Esto supuso un episodio especialmente duro para Alessa, que nunca pudo olvidarlo. De ahí que en la dimensión de Samael aparezcan tantas referencia a sillas de ruedas y cosas quemadas. Al fin y al cabo, lo que el poder de Samael refleja (de hecho Samael es la creación de las ideas y ilusiones de los miembros del culto mas el corrupto poder del pueblo) es el subconsciente de Alessa, un infierno que es tan personal como diabólico, y que se refleja por ser un mundo decadente y en ruinas del que no se puede escapar.

Las criaturas que nos aparecen en el juego son simbólicas. Niños pequeños con puñales, (representan el maltrato por parte de otros niños) niños pequeños con largos brazos, enormes gorilas (su temor a los adultos), enfermeras y doctores sin rostro y de erráticos movimientos, (su internación) aves voladoras descarnadas (sacados del mundo perdido, uno de sus libros favoritos), perros de carne palpitante (su temor a los perros)... Todas estas criaturas han formado parte alguna vez de la vida de Alessa; su subconsciente y sus poderes han logrado modificarlas hasta el punto de integrarse completamente con su pesadilla personal, pesadilla de la cual no puede escapar y su único deseo es su propia destrucción.


Harry pretende encontrar a su hija adoptiva Cheryl a lo largo del juego. Lo manejaremos a través de diversas fases que explorarán el pasado de Alessa y arrojarán un poco de luz sobre la historia del culto y de Silent Hill. Durante esa travesía, Harry encuentra a una policía, Cybil Bennet, que también está atrapada en el pueblo. Ella asegura que la ciudad está cortada y que no hay nadie. A pesar de todo, da un arma a Harry, dado que ella también ha visto los monstruos que hay fuera, y se despide.

Alessa logra escaparse del control de Dahlia y para poder escapar de su sufrimiento comienza a realizar extraños símbolos(algunos miembros del culto creen que tienen el poder de destruir al dios pero...) en el pueblo, Dahlia, que aún ansía en resucitar a Samael, se aparece ante Harry en un momento del juego y le entrega un objeto llamado Flauros, aunque no le aclara exactamente para qué sirve ni como funciona. Dahlia no puede detener a su hija porque con sus poderes ella sabe perfectamente dónde está en cada momento, pero no puede controlar a Harry. Gracias a ello, Dahlia pretende utilizar a Harry con la excusa de que alguien se ha llevado a Cheryl, y que debe darse prisa si desea recuperarla.

Los enemigos de final de fase representan un gran pico de poder por parte de Alessa, que está cada ves mas deseperada por haber caído en manos de su siniestra madre. Cuando Harry derrota a Samael, Alessa se encuentra "un poco liberada" y le entrega a un bebe que es al igual que Cheryl, parte de ella. No es casual que cuando Harry es expulsado de la dimensión de Samael (Nowhere, un lugar hecho de recuerdos, lo que regresa al punto de que el pueblo manifiesta el subconsiente, en especial el de la poderosa Alessa), no sólo se desmaye, sino que escuche sirenas a lo lejos (Simbólicamente son las sirenas de los bomberos que apagaron un día el incendio en la casa Gillespie...).


(Cheryl)


En el Hospital Alchemilla, Harry encuentra al doctor Kauffman, que tampoco puede escapar de Silent Hill. Allí, Harry descubre la existencia de un antídoto contra los parásitos que Alessa es capaz de generar en seres vivos: Se trata del Aglaphotis(en realidad es descrito en el libro sagrado del kabala como una forma de exorcizar demonios). También conoce a Lisa Garland, la enfermera que cuidó de Alessa. A ella recurrirá Harry para que le explique la historia de la joven. Poco a poco, el poder de Alessa )sigue creciendo, junto con su desesperación por escapar. En el parque de atracciones, Harry deberá enfrentarse a Cybil que ha sido poseída por un parásito. Luego, él y Alessa se enfrentan. En ese momento el misterioso Flauros (salido del libro de salomon) que llevaba Harry, que contiene el poder contrario al de Samael (el del dios Metatron) se activa saliendo del bolsillo de Harry y debilita a Alessa, rompiendo su barrera. A partir de ese momento, el poder oscuro de Samael se manifiesta de manera confusa, creando dimensiones que mezclan recuerdos de Alessa (en el juego, es la fase llamada "Nowhere"). En el último espacio, Dahlia está a punto de hacer renacer a Samael mediante su hija y Cheryl, la parte retornada de Samael...


(Samael)